Hatra fou fundada pels selèucides al segle iii aC i va florir com a centre religiós i comercial als segles II i I aC. En aquest darrer, va esdevenir la seu del primer regne àrab de la zona, de manera similar a com després van sorgir Palmira, Baalbek i Petra; el regne es va dir Araba i estava a la zona entre parts i romans, oscil·lant entre els dos poders, però governada per prínceps àrabs. Ciutat fortificada, fou atacada diverses vegades pels romans i va tenir un paper notable en la Segona Guerra de Pàrtia. Va rebutjar els setges de Trajà (116-117) i Septimi Sever (198-199). El 238, derrotà un atac persa en la batalla de Shahrazur, però va caure en mans dels sassànides sota Sapor I el 241 i fou destruïda. La llegenda diu que fou la filla del rei, al-Nadira, qui lliurà la ciutat als perses, i Sapor matà el rei al-Djayzan, i es casà amb al-Nadira, a qui més tard també va matar. Sota els sassànides, forma part de la província de Khvarvaran. Se sap que el 363 ja estava en ruïnes.
Les ruïnes estaven ben conservades. Estava rodejada per dos cercles de muralles, un d'interior i un d'exterior, de quasi 6,5 km de circumferència, amb 160 torres. Els edificis principals, els temples, eren al centre, cobrint 1,2 hectàrees, presidits pel gran temple, una estructura gegantina amb cambres i columnes, algunes de 30 metres. A la ciutat, es van fusionar els panteons grec, mesopotàmic, siríac i àrab i és per això que fou anomenada en arameu Beiṯ Ĕlāhā (‘Casa de Déu’); els temples estaven dedicats a les deïtats Nergal (babilònia i accadiana), Hermes (grega), Atargatis (sirioaramea), Allat i Xamiyya (àrabs) i Xamaix (mesopotàmica).
El març del 2015, diversos milicians d'Estat Islàmic destruïren les ruïnes de la ciutat.[2]
