El 26 de juny de 2015 es va fer públic la vila que acolliria la sortida del Giro 2016. Es confirmà que la sortida seria als Països Baixos, com també succeí el 2002 i 2010. Als Països Baixos es disputarien les tres primeres etapes, una contrarellotge individual el primer dia i dues etapes planes en dies successius. Un llarg desplaçament fins a Catanzaro, al sud d'Itàlia, obligarà a fer un primer dia de descans després de la tercera etapa.[1] Un cop en territori italià la cursa pren direcció cap al nord, amb unes primeres etapes llargues i trencacames, la primera arribada en alt en la 6a etapa,[2] un port amb sterratto en la setena[3] i la contrarellotge individual llarga en la novena, abans del segon dia de descans.[4]
Després del segon dia de descans arriba la segona arribada en alt, tot i que en un port de tercera categoria, però en una etapa amb un recorregut molt accidentat.[3] Dues etapes totalment planes donaran pas al primer gran bloc de muntanya. La primera d'elles, amb final a Cividale del Friuli compta amb quatre ports de gran dificultat, tot i que cap d'ells superar els mil metres d'altura. L'endemà hi ha l'etapa reina de les Dolomites, amb sis ports de muntanya, entre els quals hi ha el pas Pordoi i el pas de Giau. La tercera, i darrera etapa de muntanya d'aquest tríptic, és una cronoescalda fins a Alpe di Siusi. L'endemà tindrà lloc el tercer i darrer dia de descans.
La tercera setmana de cursa comença amb una etapa de mitja muntanya i final en alt després de 5 quilòmetres d'ascensió. Dues etapes de transició donaran pas a la traca final,[3][5] amb dues etapes d'alta muntanya: la 19a etapa, amb final a Risoul, França, i el pas previ pel Coll de l'Agnello, cima Coppi de la present edició del Giro[6] i la 20a, amb tres ports de primera categoria i final en alt.[7] L'etapa final ha de servir per homenatjar el líder, amb un circuit per Torí.[4]
Els 18 equips UCI World Tour són automàticament convidats i obligats a prendre part de la cursa. A banda l'organitzador RCS Sport convidà a quatre equips continentals professionals, per acabar formant un gran grup amb 22 equips i 198 ciclistes.[8]
La primera etapa del Giro d'Itàlia de 2016 es disputa com a contrarellotge individual pels carrers d'Apeldoorn. L'etapa és totalment plana i sols destaquen alguns retombs tancats. S'estableix un punt de control intermedi, al quilòmetre 5,0.[18]
Primera etapa en línia del Giro, també per terres neerlandeses, però amb una petita incursió de 3,4 km a Alemanya. El recorregut, entre Arnhem i Nimega, és bàsicament pla, amb una sola petita cota de quarta categoria a manca de 34,7 km per l'arribada i dos Traguardo Volante, a Malden (km 135) i Berg en Dal (km 142,1). En el tram final d'etapa es fan dues voltes a un circuit de 8,6 km pels voltants de Nimega.[20]
L'etapa va estar marcada per una llarga escapada formada en els primers quilòmetres i en què hi van prendre part Omar Fraile (Dimension Data), Maarten Tjallingii (Team LottoNL-Jumbo) i Giacomo Berlato (Nippo-Vini Fantini). El trio anà ampliant les diferències fins als poc més de 4' a manca de 45 km per l'arribada. Fraile fou el primer al cim de l'única cota puntuable, amb la qual cosa es vestí amb el mallot blau de la muntanya, mentre Tjallingii era el primer en els dos esprints intermedis del dia. A manca de 22 km sols disposaven de 8" sobre el gran grup i aleshores Berlato ho intentà en solitari, mentre dos companys d'escapada eren neutralitzats. Tot i que en un primer moment amplià les diferències fins al minuts, acabà sent neutralitzat a manca de 8 km per l'arribada. A partir d'aquí els equips dels esprintadors anaren preparant el terreny pel seu cap de files. En l'esprint Marcel Kittel (Etixx-Quick Step) fou el clar vencedor i gràcies a les bonificacions acabà a sols 1 segon de Tom Dumoulin.[21]
Tercera i darrera etapa per terres neerlandeses, amb un recorregut molt similar al dia anterior. Etapa plana i una sola dificultat muntanyosa, una cota de quarta categoria a manca de 53,1 km per l'arribada. Els dos Traguardo Volante estan situats a Lochem (km 97,4) i Dieren (km 128,5). En el tram final d'etapa es fan dues voltes a un circuit de 14 km pels voltants d'Arnhem.[24]
Després del primer dia de descans per permetre el trasllat des dels Països Baixos fins a la Calàbria, al sud d'Itàlia, es disputa una etapa amb dues parts diferenciades. Els primers 120 quilòmetres són totalment plans, seguint la costa de la mar Tirrena cap al nord. A partir d'aquest punt el recorregut anirà deixant momentàniament la carretera de la costa per fer diverses ascensions i tornar-hi tot seguit. Seran quatre ascensions seguint aquest esquema, però sols les dues primeres són puntuables per a la muntanya: Bonifati (3a cat. km.126) i San Pietro (3a cat. km.150,4). La darrera d'aquestes cotes es corona a tan sols 8,7 km per l'arribada i té rampes de fins al 18%.[29]
Segona etapa més llarga de la present edició del Giro, amb un recorregut trencacames, sempre en direcció nord, fins a la ciutat de Benevento. En arribar a aquesta vila es fa una volta a un circuit urbà de 6,5 km. El darrer quilòmetre presenta una lleugera pujada amb llambordins al 3,4 %. Sols hi ha una petita cota de 3a al km. 35.[31]
En aquesta edició hi ha programats 38 ports puntuables per a la classificació de la muntanya. La Cima Coppi estarà situada al Coll de l'Agnello, en la 19a etapa. A més a més hi haurà deu ports de primera categoria, dotze de segona, deu de tercera i cinc de quarta.
Al Giro d'Itàlia de 2016 s'entreguen quatre mallot distintius diferents. Per a la classificació general, fruit de sumar els temps a la fi de cada etapa de cada ciclista, i en què s'entreguen bonificacions de temps (10, 6 i 4 segons, respectivament) per als tres primers classificats en cada etapa, el líder rebrà un mallot de color rosa. Aquesta classificació és considerada la més important del Giro d'Itàlia, i el guanyador serà considerat el guanyador del Giro.[33][34]
A més, hi haurà una classificació per punts, que atorgarà un mallot vermell. En la classificació per punts els 15 primers ciclistes de cada etapa rebran punts. Les etapes planes atorguen més punts que les de muntanya, amb la qual cosa aquesta classificació tendeix a afavorir els velocistes. A més els esprints intermedis també atorguen punts.[33][34]
També hi haurà una classificació de la muntanya, el líder de la qual és identificat amb un mallot blau. En aquesta classificació els punts són atorgats en passar pel cim dels diferents colls de muntanya puntuables. Les ascensions són puntuades de primera, segona, tercera o quarta categoria, donant-se més punts a les ascensions de major categoria. La Cima Coppi, coll més alt pel qual es passa, atorgarà més punts que les de primera categoria. En aquesta edició aquesta condició recau en el coll de l'Agnel, a 2.744 m.[35]
El quart mallot, de color blanc, identifica al ciclista més jove. Aquesta classificació s'estableix com la classificació general, però sols els ciclistes nascuts a partir de l'1 de gener de 1990 hi prenen part.[33]
També hi ha dues classificacions per als equips. A la classificació del Trofeu Fast Team se sumaran els temps dels tres millors ciclistes per equip en cada etapa i el millor equip serà el que faci un menor temps; el Trofeu Super Team és una classificació per equips per punts, en què s'atorguen punts als 20 primers ciclistes de cada etapa (de 20 fins a 1 punt) i aquests són sumats a cada equip.[33]
La següent taula es corresponen amb els mallots atorgats després que de cada etapa.
En la 2a etapa Primož Roglič, que era segon en la classificació per punts, vesteix el mallot vermell, perquè Tom Dumoulin (primer) porta el mallot rosa de líder de la general durant l'etapa.
En la 4a etapa Elia Viviani, que era tercer en la classificació per punts, vesteix el mallot vermell, perquè Marcel Kittel (primer) porta el mallot rosa de líder de la general durant l'etapa i Maarten Tjallingii (segon) porta el mallot blau com a líder de la muntanya durant l'etapa.
En les etapes 11 a 13 Davide Formolo, que era segon en la classificació dels joves, vesteix el mallot blanc, perquè Bob Jungels (primer) porta el mallot rosa de líder de la general durant les etapes.
En la 13a etapa Giacomo Nizzolo, que era segon en la classificació per punts, vesteix el mallot vermell, perquè André Greipel (primer) no pren la sortida en l'etapa.
Itàlia
Països Baixos
França
Alemanya
Esteban Chaves Rubio (Orica-GreenEDGE)
Alejandro Valverde Belmonte (Movistar Team)
Bob Jungels (Etixx-Quick Step)
Astana.svg){kind=small}
Etixx-Quick Step
_pictogram.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.jpg)
Tom Dumoulin (NED) 
Primož Roglič (SLO)
Andrey Amador (CRC)
Tobias Ludvigsson (SWE) 
Marcel Kittel (GER)
Moreno Moser (ITA)
Bob Jungels (LUX)
Fabian Cancellara (SUI)
Matthias Brändle (AUT)
Omar Fraile
Tim Wellens
Stefan Küng
Daniel Martínez
Alexander Foliforov
Mallot negre (maglia nera) • 
Intergiro (maglia azzurra) • 