El nom sard Pauli o Paulli significa pantà. Ja a l'edat mitjana va assumir el nom de Paùly, primer, i després el de Paùli Pirri.
Després del 1881 es va convertir en Paùli Monserrato i a partir de l'11 d'abril de 1888, amb reial decret i a instàncies del Consell Municipal, va prendre el nom de Monserrato, mot atribuïble a la Mare de Déu de Montserrat (de Catalunya), en record del període català de l'illa de Sardenya.