Motiu adjacent al protoespaiador
El MAP o el motiu adjacent al protoespaiador, en anglès protospacer adjacent motif (PAM), és una seqüència d'ADN, d'entre 1 i 5 nucleòtids, que està a continuació de la seqüència diana de la nucleasa Cas9 del sistema immunitari adaptatiu bacterià CRISPR. MAP és un component del plàsmid o virus invasiu, però no és un component del locus CRISPR. La nucleasa Cas9 no s'unirà al ADN o el tallarà correctament si a continuació no hi ha present la seqüència MAP.[1] MAP permet distingir l'ADN propi del que no ho és, evitant que el locus CRISPR sigui tallat per la nucleasa.[2]
Els locus de CRISPR contenent espaiadors o "spacers" (ADN viral inserit en el locus CRISPR) que en el sistema immune adaptatiu de tipus II van ser creats a partir d'ADN invasor de virus o plàsmids (anomenats protospacers). En una reinfecció, Cas9 s'uneix al tracrRNA: crRNA que guia Cas9 a la seqüència del potoespaiador invasor. Però Cas9 no serà capaç de tallar a menys que a continuació hi hagi la seqüència MAP.
La seqüència MAP canònica és 5'-NGG-3', on N és qualsevol nucleobase seguida per dos guanines.[3] La canònica s'associa amb la Cas9 de Streptococcus pyogenes. La no canònica 5'-NGA-3' pot ser molt eficient pels humans, però l'eficiencia varia amb la localització del genoma.[4] Hi ha diferents MAP segons l'organisme del qual prové la Cas9 o si ha estat modificada.[5] S'han fet intents de crear una Cas9 que reconegui diferents MAPs per augmentar l'habilitat de l'edició genètica en qualsevol lloc del genoma.[6]
Referències[modifica]
- ↑ Mojica FJ, Díez-Villaseñor C, García-Martínez J, Almendros C (2009). "Short motif sequences determine the targets of the prokaryotic CRISPR defence system". Microbiology (journal) 155 (Pt 3): 733–740. doi:10.1099/mic.0.023960-0. PMID: 19246744.
- ↑ Mali P, Esvelt KM, Church GM (2013). "Cas9 as a versatile tool for engineering biology". Nature Methods 10 (10): 957–963. doi:10.1038/nmeth.2649. PMC 4051438. PMID: 24076990.
- ↑ Anders C, Niewoehner O, Duerst A, Jinek M (2014). "Structural basis of PAM-dependent target DNA recognition by the Cas9 endonuclease". Nature (journal) 513 (7519): 569–573. doi:10.1038/nature13579. PMC 4176945. PMID: 25079318.
- ↑ Zhang Y, Ge X, Yang F, Zhang L, Zheng J, Tan X, Jin ZB, Qu J, Gu F (2014). "Comparison of non-canonical PAMs for CRISPR/Cas9-mediated DNA cleavage in human cells". Scientific Reports 4: 5405. doi:10.1038/srep05405. PMC 4066725. PMID: 24956376.
- ↑ https://www.addgene.org/crispr/guide/#pam-table
- ↑ Kleinstiver BP, Prew MS, Tsai SQ, Topkar VV, Nguyen NT, Zheng Z, Gonzales AP, Li Z, Peterson RT, Yeh JR, Aryee MJ, Joung JK (2015). "Engineered CRISPR-Cas9 nucleases with altered PAM specificities". Nature (journal) 523 (7561): 481–485. doi:10.1038/nature14592. PMID: 26098369.