El nom del departament prové d'un nucli de població situat a 35 quilòmetres de la capital (Río Gallegos), topònim que en l'idioma Aonikenk, idioma del poble Tehuelche, significa "lloc ampli i bonic per acampar".[1] El poblament modern i permanent de la regió començà arrel d'instal·lar-se la Sub-Prefectura Marítima a Río Gallegos el 1885 per tal de conservar la sobirania argentina de la zona.[2]
Evolució poblacional del departament Güer Aike segons els diferents censos nacionals[a]