Fou anomenat en honor de l'explorador Magalhãnes, ja que ell i el seu sèquit foren els primers europeus en explorar les costes d'aquesta demarcació. De fet visqueren durant un hivern austral a la badia de San Julián, lloc famós per ser el primer indret de l'Argentina en celebrar-se una missa catòlica. Després del pas de l'expedició, l'actual departament quedà despoblat d'europeus fins que l'any 1780 es fundà una colònia espanyola anomenada Florida Blanca, prop dels terrenys de l'actual ciutat de Puerto Julián. L'any 1901 es fundà l'actual ciutat de San Julián arrel de l'augment de població lligada a l'activitat econòmica relacionada amb la ramaderia ovina per a la producció de llana.[2]