Editor de molècules
Un editor de molècules és un programa informàtic per crear i modificant representacions d'estructures químiques.
Els editors de molècules poden manipular representacions d'estructures químiques en un espai bidimensional o espai tridimensional simulat, a través de computació gràfica 2D o computació gràfica 3D, respectivament. La sortida bidimensional s'utilitza com il·lustracions o per consultar bases de dades químiques. La producció tridimensional s'utilitza per construir models moleculars, generalment com a part dels paquets de programari de simulació molecular.
Els editors moleculars de bases de dades com Leatherface,[1] RECAP[2] i Molecule Slicer[3] permeten que un gran nombre de molècules es modifiquin automàticament segons regles com ara com "desprotonar àcids carboxílics" o "trencar enllaços exocíclics" que pot especificar un usuari.
Els editors de molècules generalment admeten llegir i escriure almenys un format de fitxer o notació de línia. Els exemples de cadascun inclouen Molfile i especificació d'entrada de línia d'entrada molecular simplificada (SMILES), respectivament.
Els fitxers generats pels editors de molècules es poden mostrar mitjançant eines de gràfics moleculars.
Programes autònoms
[modifica]| Programa | Desenvolupador(s) | Llicència | Plataformes | Info | |
|---|---|---|---|---|---|
| Accelrys Draw | Accelrys | Propietari | Windows | Versió gratuïta disponible; inclou names2structure i structure2name, noms d'InChI i SMILES canòniques | |
| ACD/ChemSketch | ACD/Labs | Propietari | Windows | Una interfície d'emmagatzematge químicament intel·ligent que permet dibuixar gairebé qualsevol estructura química, inclosos els orgànics, organometàl·lics, polímers i estructures de Markush. versió gratuïta disponible | |
| Amira (programari) | Visage Imaging Zuse Institute Berlin |
Propietari | Windows, macOS, Linux | Versió de prova de 14 dies disponible | |
| Ascalaph Designer | Agile Molecule | Plantilla:GPL-lic | Linux, Windows | gratuït | |
| ArgusLab | Mark Thompson (author) | Propietari | Windows | gratuït | |
| Avogadro | Avogadro project team | Plantilla:GPL-lic | Linux, macOS, Windows | Editor de molècules en 3D, visualitzador | |
| BALLView | BALL project team | Plantilla:GPL-lic-LGPL | Linux, macOS, Windows | visualitzador, editor, eina de simulació | |
| Bioclipse | Bioclipse Developers | EPL | multiplataforma | Java, Eclipsi basada en Rich Client Platform (RCP) | |
| BKChem | Beda Kosata | Plantilla:GPL-lic | multiplataforma | Editor de molècules 2D escrit en Python | |
| ChemDoodle | iChemLabs | Propietari | Linux, macOS, Windows | Sistema complet d'edició química per a l'elaboració d'estructures químiques, reaccions, espectres i molt més. Prova gratuïta disponible. | |
| ChemDraw | PerkinElmer | Propietari | macOS, Windows | Edita estructures i reaccions químiques. | |
| Deneb | AtelGraphics | Propietari | Linux, Windows | Versió de prova disponible; interfície d'usuari gràfica fàcil d'usar per als paquets SIESTA, VASP, QE, etc. | |
| Elemental (programari) | Dotmatics | Propietari | Windows, iOS | programari gratuït per a PC, iPhone, iPad | |
| ICEdit | InfoChem | Propietari | Windows | Edita estructures i reaccions químiques | |
| Chemtool | Plantilla:GPL-lic | Linux, Unix | Editor 2D per a fórmules estructurals químiques, escrites en C amb GTK | ||
| ChemWindow | Bio-Rad | Propietari | disponible com a part de l'entorn de programari KnowItAll; Programes de domini públic per a la investigació acadèmica i l'ensenyament | ||
| Gabedit | Abdulrahman Allouche | Plantilla:BSD-lic | Linux, macOS, Windows | Editor de molècules en 3D, visualitzador | |
| ICM-Chemist | MolSoft | Propietari | Windows, macOS, Linux | Editor de química d'escriptori d'interfície gràfica fàcil d'usar | |
| JChemPaint | Plantilla:LGPL-lic | multiplataforma | Editor de fórmules estructurals 2D escrites en Java | ||
| HyperChem | Hypercube, Inc. | Propietari | Windows | Editor de molècules en 3D, visualitzador | |
| KnowItAll | Bio-Rad | Propietari | Windows | Programes de domini públic per a la investigació acadèmica i l'ensenyament | |
| lhendraw | Lennard Wasserthal | Plantilla:GPL-lic | Linux | clon de FOSS compatible amb chemdraw cdx / cdxml, funció de cerca | |
| MAPS (molecular software) | Scienomics | Propietari | multiplataforma | Build complex molecular (molecules, metal complexes, polymers...) and periodic (crystal, surface, interface, CNT, nanosystems...) systems, generate amorphous conformations. Read SMILES and 3D formats (pdb, xyz, cif...). | |
| MarvinSketch/View | ChemAxon | Propietari | multiplataforma | versions comercials i gratuïtes. Editor i visualitzador químic, versió d'escriptori (Java Beans) | |
| MarvinSpace | ChemAxon | Propietari | multiplataforma | versions comercials i gratuïtes. Visualització macromolecular tridimensional i edició de lligands, versió d'escriptori (Java Beans) | |
| MedChem Designer | Simulations Plus | Propietari | Windows | programari gratuït: inclou de franc S + logP, S + logD (7.4), TPSA, càrregues sigma PEOE, HBD, HBA i Regla de 5 càlculs. | |
| Molecular Operating Environment (MOE) | Chemical Computing Group | Propietari | Windows, Linux, Mac; Llenguatge de programació SVL | Plataforma per a aplicacions de modelatge molecular / descobriment de fàrmacs, amb esbós i edició molecular 3D, representació 2D i conversió de 2D a 3D. | |
| molsKetch | Plantilla:GPL-lic | multiplataforma | editor multiplataforma, basat en Qt4 | ||
| MOLTEMPLATE | Plantilla:BSD-lic 3-clause | Linux, macOS, Windows | Generador de molècules basat en text general per a LAMMPS | ||
| ODYSSEY | Wavefunction, Inc. | Propietari | macOS, Windows | ||
| SAMSON | Inria | Propietari | Windows, Linux, macOS | Plataforma de programari per a la nanociència computacional integrada. Personalitzat amb SAMSON Elements (mòduls per SAMSON) | |
| SketchEl | Plantilla:GPL-lic | multiplataforma | editor, Java, disponible a SourceForge | ||
| Smormo-Ed | Plantilla:BSD-lic | Linux, Windows, disponible a SourceForge | |||
| Spartan | Wavefunction, Inc. | Propietari | Linux, macOS, Windows | ||
| StruMM3D | Exorga, Inc. | Propietari | Windows | ||
| Vimol | ISC | BSD, Linux, macOS, Windows | Potent, amb interfície tipus vim | ||
| XDrawChem | Plantilla:GPL-lic | Linux, macOS, Windows | basat en OpenBabel | ||
| Zem (programari) | Example | Plantilla:GPL-lic | Linux, macOS, Windows | basat en OpenBabel |
Miniaplicacions de Java
[modifica]| Miniaplicació | Desenvolupador(s) | Llicència | Info |
|---|---|---|---|
| Accelrys JDraw | Accelrys | Propietari | Comercial i freeware versions per nonprofit ús |
| ICEdit | InfoChem | Propietari | Edita reaccions i estructures químiques |
| JChemPaint | Plantilla:LGPL-lic | Editor i miniaplicacions d'espectador | |
| Editor de Molècula del JME | Peter Ertl | Propietari | freeware Disponible de Molinspiration; Freeware per noncommercial ús |
| MarvinSketch | ChemAxon | Propietari | Comercial i freeware versions. Implementació de miniaplicació d'editor química |
| MarvinSpace | ChemAxon | Propietari | Comercial i freeware versions. 3D lligand i visualització macromolecular que editen |
| ACD de SDA/Estructura Dibuixar Miniaplicació | Laboratoris/d'ACD | Propietari | Comercial i freeware versions |
| ChemWriter | Metamolecular | Propietari | Versió 1 necessitats Java endoll-dins, versió 2 necessitats cap endoll de navegador-ins |
| SketchEl | Plantilla:GPL-lic, available on SourceForge | ||
| Chemis3D | Didier Collomb | Propietari | |
| MolEdit | MolSoft | Propietari | HTML5 editor permet dibuixar 2D estructura química dins la pàgina d'un navegador de web ; necessitats cap endoll-ins (com Java); feines en qualsevol HTML modern5 navegador compatible amb JavaScript habilitat, incloent plataformes mòbils; lleuger, intuïtiu |
| FLAMA: Flaix Editor Molecular | Pavel Dallakian, Norbert Haider | Freeware Per noncommercial ús |
Editors editables de JavaScript
[modifica]| Programa | Desenvolupador | Navegador d'escriptori IE6-7-8 | Altre navegador d'escriptori | iPad | iPhone | Android | Windows Phone | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| AngularDrawChem | Michał Malik | Desconegut | Sí | No | No | No | Desconegut | Dibuixa estructures orgàniques i esquemes de reacció en SVG, disponible en línia i com a mòdul AngularJS; codi obert (MIT) |
| ChemDoodle Web Components | iChemLabs | Sí | Sí | Sí | Sí | Sí | Desconegut | Components web de química HTML5, inclosos els espectadors, animacions, components interactius i editors; utilitza gràfics Canvas i WebGL. Font lliure i oberta sota llicència GPL v3.0 |
| ChemDraw JS | PerkinElmer | No | Sí | Desconegut | Desconegut | Desconegut | Desconegut | La versió JavaScript de ChemDraw |
| ChemWriter 3 | Metamolecular | No | Sí | Sí | Desconegut | Desconegut | Desconegut | |
| Elemental (software) | Dotmatics | Sí | Sí | Sí | Sí | Sí | Desconegut | proprietary software |
| ICEdit | InfoChem | No | Sí | Sí | Sí | Sí | Sí | Edita estructures i reaccions químiques |
| Ketcher | GGA Software Services | Sí | Sí | Desconegut | Desconegut | Desconegut | Desconegut | Escrit mitjançant SVG / VML a través de Raphaël.js. Inici de codi obert. |
| LAI4D | Lai4d Systems | No | Sí | Sí | Sí | Sí | Sí | Eina CAD de llum 3D gratuïta (visualitzador i dissenyador) per a la web que inclou un tipus d'entitat de "molècula". |
| Marvin JS | ChemAxon | No | Sí | Desconegut | Desconegut | Desconegut | Desconegut | La versió de JavaScript de MarvinSketch; té una mica menys de funcions que la versió basada en Java en l'actualitat |
| Molinspiration WebME molecule editor | Sí | Sí | Desconegut | Desconegut | Desconegut | Desconegut | proprietary software | |
| JSDraw | Scilligence | Sí | Sí | Sí | Sí | Sí | Desconegut | |
| JSME | Peter Ertl | Sí | Sí | Sí | Sí | Sí | Desconegut | Admet arrossegar i deixar anar en navegadors d'escriptori compatibles amb HTML5 per importar i exportar arxius MOL i RXN. L'editor pot generar SMILES i InChI. |
| WebMolKit | Molecular Materials Informatics | No | Sí | No | No | No | No | També la biblioteca principal de SketchEl2. La llicència és GPL. |
Editors en línia
[modifica]| Programa | Desenvolupador | Info |
|---|---|---|
| AngularDrawChem | Michał Malik | editor de codi obert (MIT) per dibuixar estructures orgàniques i esquemes de reacció a SVG, disponible en línia i com a mòdul AngularJS |
| ICEdit | InfoChem | prova gratuïta, edita estructures i reaccions químiques |
| LAI4D | Lai4d Systems | Eina CAD de llum 3D gratuïta (visualitzador i dissenyador) per a la web que inclou un tipus d'entitat "molècula". |
| MolEdit | MolSoft | L'editor HTML5 permet dibuixar estructura química 2D dins de la pàgina del navegador web; no necessita connectors (com Java); funciona en qualsevol navegador compatible amb HTML5 modern amb JavaScript habilitat, incloses les plataformes mòbils; de pes lleuger, intuïtiu |
| MolView | Herman Bergwerf | Programari lliure. Construït per a ordinadors d'escriptori, tauletes i telèfons intel·ligents. Integra algunes bases de dades en línia, incloses PubChem, RCSB, NCI / CADD Chemical Identifier Resolver i Crystallography Open Database. |
| Marvin molecule editor and viewer | ChemAxon | Programari propietari. Dona suport tots els formats importants i característiques/de consulta de l'estructura. Aquesta implementació de Java també inclou prediccions basades en estructures il·limitades per a un rang de propietats (pKa, logD, estructura<>de nom, etc.). |
| Molecular Editor and Image Sharer | Basat en JChemPaint; permet emmagatzemar imatges generades en un servidor | |
| PubChem online molecule editor | admet SMILES, SMARTS, InChI, i tots els formats d'arxius químics habituals. | |
| MolEditor | Ambinter | Petita edició, manipulació i exportació de bases de dades químiques (Structure Data File SDF, SMILES, ...) – programari lliure (GPL) |
Aplicacions d'editor per a mòbils
[modifica]| Programa | Desenvolupador | iPad | iPhone | Android | BlackBerry | Info |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ChemDoodle Mobile | iChemLabs | Sí | Sí | Sí | No | Gratuït, integrat amb l'escriptori ChemDoodle. |
| ChemJuice | IDBS | Sí | Sí | No | No | |
| Chirys Draw | Integrated Chemistry Design | Sí | No | No | No | |
| Chirys Sketch | Integrated Chemistry Design | No | Sí | No | No | |
| Elemental (software) | Dotmatics | Sí | Sí | Sí | No | Gratuït |
| ICEdit | InfoChem | Desconegut | Desconegut | Sí | Desconegut | versió beta disponible per InfoChem |
| 3D Molecules Edit & Test for iOS | Virtual Space | Sí | Sí | No | No | |
| 3D Molecules Editor for iOS | Virtual Space | Sí | Sí | No | No | |
| 3D Molecules View & Edit Lite for iOS | Virtual Space | Sí | Sí | No | No | Gratuït |
Vegeu també
[modifica]Notes i referències
[modifica]- ↑ Kenny, P.W.; Sadowski, J. (2005) Structure modification in chemical databases Chemoinformatics in drug discovery (editor: Oprea, T.I.), 271-285 (Wiley).
- ↑ Lewell, X.Q.; Judd, D.B; Watson, S.P.; Hann, M.M. (1998) RECAP-Retrosynthetic Combinatorial Analysis Procedure: A Powerful New Technique for Identifying Privileged Molecular Fragments with Useful Applications in Combinatorial Chemistry J. Chem. Inf. Comput. Sci. 38, 511-522.
- ↑ Vieth, M.; Siegel, M.G.; Higgs, R.E.; Watson, I.A.; Robertson, D.H.; Savin, K.A.; Durst, G.L.; Hipskind; P.A. (2004) Characteristic Physical Properties and Structural Fragments of Marketed Oral Drugs J. Med. Chem. 47, 224-232.