L'estació se situa a dalt d'un marge elevat que separa el barri del riu Túria i de l'autovia V-30 paral·lela.
Des del 2008 i fins a la construcció de l'estació provisional de TAV a l'estació de la Font de Sant Lluís,[1] els trens de les línies C-3 i C4 tenen terminal a Sant Isidre, des d'on cal fer transbordament al proper metro.