A la dècada de 2000, Neves va jugar principalment a la Segona Divisió fins que es van promocionar en la temporada 2009-10.[1] Neves va participar fins que va ser relegat l'any 2011 després d'haver estat desè amb 17 punts.[2] Va passar dos anys a la Segona Divisió fins que va ascendir una vegada més el 2014; el club va acabar sisè a la Primera Divisió de 2014[3] i va continuar fins al final de la temporada de 2015 on van quedar relegats. Neves va passar només una temporada a segona divisió en 2016. El club era el campió de temporada de la Segona Divisió Regional, i juntament amb la UDESCAI va competir per l'ascens a la Primera Divisió. A la temporada 2017, a la meitat de la temporada, el FC Neves va arribar fins al segon lloc i va intentar guanyar un títol regional. A la 17a ronda, la seva oportunitat es va reduir el 5 d'agost, ja que van ser tercers el 3 de setembre, i Neves va acabar la temporada quart per darrere dels Bairros Unidos FC.
