Projecte Proteoma Humà
El Projecte Proteoma Humà o PPH (sigles HPP en anglès) és un projecte col·laboratiu coordinat per l'Organització del Proteoma Humà.[1][2] Té l'objectiu d'estudiar totes les proteïnes que han produït les seqüències traduïdes del genoma humà.
Després de desxifrar la seqüència del genoma humà gràcies al Projecte Genoma Humà de 20.000 a 25.000 gens, s'ha ampliat la recerca, per desxifrar ara el proteoma humà. Això vol que es pretén saber quin és el funcionament i l'acció de cada proteïna, la seqüència i el plegament que determina cadascun dels gens desxifrats al Projecte Genoma Humà. A més, també pretén conèixer els mecanismes de modificació postraduccionals de les proteïnes, com afecten la fosforilació, la glicosilació, la polimerització, etc., als aspectes fonamentals de la funcionalitat de les proteïnes, i detectar la funcionalitat que tenen segons aspecte ambientals i les relacions multigèniques que s'estableixen en la majoria de les malalties.
Objectius
[modifica]Els objectius principals del PPH els va definir l'Organització del Proteoma Humà (HUPO) en el primer congrés que es va realitzar sobre el PPP. Entre aquests objectius hi ha:
- Elaborar un catàleg general de proteïnes humanes, que inclogui les variants proteiques possibles per a cada tipus de proteïna.
- Fer ugmentar i estendre el coneixement de les interaccions entre proteïnes, i de les proteïnes amb els àcids nucleics.
- Investigar els mecanismes emprats per a l'expressió de les proteïnes de cada teixit o òrgan en situacions de salut, malaltia o teràpia.
Dificultats
[modifica]El camp de la proteòmica té l'objectiu de desenvolupar i aplicar els coneixements obtinguts de la seqüència genètica per conèixer el comportament i la funcionalitat de les proteïnes, i amb això va sorgir el PPP. No obstant això, realitzar el PPP és més complicat que el Projecte Genoma Humà, ja que s'han de superar les dificultats següents:
- Les proteïnes, tot i que es poden aïllar fàcilment, no es poden amplificar amb mètodes similars a la PCR, de manera que la quantitat de proteïna present en una mostra és la quantitat de proteïnes que pot estudiar. Això implica la dificultat de detectar, identificar i caracteritzar nombrosos casos de proteïnes minoritàries en les concentracions cel·lulars naturals.
- A diferència de l'ARN o l'ADN, les proteïnes no tenen complements d'unió o hibridació d'alta afinitat.
- Les proteïnes tenen un rang de propietats bioquímiques que excedeixen àmpliament el comportament homogeni dels oligonucleòtids i, a més a més, aquestes propietats depenen de l'estructura tridimensional concreta dels polipèptids plegats. La diversitat de qualitats que tenen les proteïnes exigeix un nivell de complexitat més alt a l'hora de fer servir mètodes per manipular-les i processar-les.
Malgrat tot, el Projecte Proteoma Humà, com la proteòmica en general, es preveu que arribi a proporcionar resultats satisfactoris quan es disposi dels coneixements i els mètodes d'estudi necessaris per comprendre els mecanismes proteics.
Història
[modifica]L'Organització del Proteoma Humà ha coordinat nombrosos projectes de recerca en proteòmica que estan relacionats amb els teixits humans d'interès clínic, com plasma de sang, fetge, cervell i orina.[3][4][5][6] També ha estat responsable pels projectes associats als estàndards i la tecnologia específica per a l'estudi a gran escala de les proteïnes.[7][8]
L'estructura i els objectius d'un projecte molt és ampli que el Projecte de Genoma Humà s'ha debatut en nombrosos articles de la bibliografia científica.[9][10][11][12][13] Els resultats d'aquest debat i un conjunt de reunions als Congressos Mundials de l'Organització del Proteoma Humà els anys 2009, 2010 i 2011 han servit per definir el Projecte Proteoma Humà. Així, s'han format dos sub-projectes el C-HPP i el B/D-HPP.[14] El C-HPP està compost per 25 grups de recerca, cada un per un dels cromosomes humans. El B/D-HPP, en canvi, s'oranitzarà segons la rellevància biològica i de les malalties que s'associïn a les proteïnes.[15]
Projectes i grups de recerca
[modifica]La llista següent mostra el conjunt actual de grups que treballen en el projecte, per ordre del cromosoma que estudien.
| Cromosoma | Director del grup de recerca |
Procedència |
|---|---|---|
| 1 | Fuchu Ell | Xina |
| 2 | Lydie Lane | Suïssa |
| 3 | Toshihide Nishimura | Japó |
| 4 | Yu Ju Chen | Taiwan |
| 5 | Rainer Bischoff | Països Baixos |
| 6 | Paul Keown | Canadà |
| 7 | Ed Maco | Austràlia i Nova Zelanda |
| 8 | Pengyuan Yang | Xina |
| 9 | Je-Yoel Cho | Seül i Corea |
| 10 | Joshua Labaer | EUA |
| 11 | Jong Shin Yoo | Corea |
| 12 | Visith Thongboonkerd | Índia, Singapur, Taiwan i Tailàndia |
| 13 | Jove Ki Paik | Corea |
| 14 | Jérôme Garin | França |
| 15 | Gilberto B Domont | Brasil |
| 16 | Fernando Corrales | Espanya |
| 17 | Bill Hancock | EUA |
| 18 | Alex Archakov | Rússia |
| 19 | Gyorgy Marko Varga | Suècia |
| 20 | Siqiu Liu | Xina |
| 21 | Daniel Figeys | Canadà |
| 22 | Charles Lee | EUA |
| X | Tadashi Yamamoto | Japó |
| Y | Hosseini Salekdeh | Iran |
| MT | Andrea Urbani | Itàlia |
Estat actual del projecte
[modifica]L'estat de la recerca del Projecte Proteoma Humà es va tractar com a tema destacat al Journal of Proteome Research (3 de gener de 2014, volum 13, 1a edició). L'estat del projecte global va ser parlat en un Editorial en aquell assumpte.[16]
El grup de bioinformàtics dels projecte ha establert un CHPP-wiki per mantenir la informació actual del projecte, i incloure-hi congressos, trobades, esdeveniments i altres recursos especials per als equips individuals dels cromosomes.
Referències
[modifica]- ↑ Legrain, P. et al.
- ↑ HUPO (Human Proteome Organization) 1st World Congress.
- ↑ Omenn, G.S. et al.
- ↑ He, F. Human liver proteome project: plan, progress, and perspectives.
- ↑ Hamacher, M. et al.
- ↑ Yamamoto, T., Langham, R.G., Ronco, P., Knepper, M.A. & Thongboonkerd, V. Towards standard protocols and guidelines for urine proteomics.
- ↑ Uhlen, M. & Ponten, F. Antibody-based proteomics for human tissue profiling.
- ↑ Orchard, S. et al.
- ↑ Archakov A, et al.
- ↑ Baker MS.
- ↑ Editorial, The call of the human proteome.
- ↑ Rabilloud T., et al.
- ↑ Editorial.
- ↑ Paik, Y-K., et al.
- ↑ Aebersold R., et al.
- ↑ Paik Y-K., et al.