A veure, que no sé si et segueixo:
- Les imatges originals s'han de deixar com estan a Commons, perquè són històriques.
- Aquestes imatges te les pots baixar i restaurar-les com vulguis per tal de fer-les servir als articles, i les has de pujar a Commons amb un altre nom. Per exemple, afegint "- restaurada" al final del nom de la imatge, o el nom que et sembli més oportú.
A la imatge antiga hi pots afegir {{superseded|File:nom de la foto - restaurada.jpg|image restored}} per que la gent trobi la imatge nova i la faci servir.
Les estereoscopies les pots restaurar senceres, si vols, que segur que és una millora del patrimoni, tot i que crec que el més útil per la Viquipèdia és una imatge separada, pujada amb un altre nom. Aleshores pots marcar amb {{Image extracted|xxx.ext}} la imatge vella i posar {{Extracted from}} a la nova. En qualsevol cas, tant si puges la imatge restaurada conjunta com les separades, s'han de pujar amb noms diferents.
En resum, és el mateix que ja estaves fent amb la diferència que la imatge nova s'ha de pujar amb un altre nom.
Si les entenc bé, les plantilles restoration i extract image es fan servir per indicar que a una imatge li cal restauració o se'n pot extreure imatges, però si precisament ja ho fas tu no cal que indiquis que es pot fer.