Márquez amb el Barça el 2008Márquez amb la samarreta dels New York Red Bulls
El seu primer equip va ser l'Atlas de Guadalajara, on va jugar entre 1996 i 1999, debutant a la primera divisió mexicana amb només 17 anys. El 1999, amb 20 anys, i sent ja un ídol a Mèxic, va provar sort al futbol francès, fitxant per l'AS Mònaco per sis milions de dòlars. Va debutar amb el seu nou club a la Ligue 1 el 14 d'agost de 1999 al partit AS Mònaco 4 - 0 Bàstia. En la seva primera temporada va conquerir el títol de lliga. A més a més, se'l va distingir com el defensa central ideal de la lliga la temporada 1999-2000. El 2003 va aconseguir la Copa de la Lliga francesa. Es va consolidar com un dels millors centrals d'Europa i el seu nom va començar a sonar per diversos equips grans com la Juventus FC, l'Inter de Milà, l'AC Milan i d'altres.
La seva etapa com a jugador al FC Barcelona s'acabà l'estiu del 2010 en anunciar el 31 de juliol que rescindia el contracte amb el club. Era, en aquell moment, el 8è estranger amb més partits jugats (242).[2]
El juny del 2022, el FC Barcelona l'escollí com a nou entrenador del Barça Atlètic, substituint Sergi Barjuan.
Rafael Márquez Álvarez (castellà: Rafael Márquez) (Zamora de Hidalgo, 13 de febrer de 1979) és un exfutbolista i entrenador de futbol mexicà. Actualment és entrenador auxiliar de la selecció de futbol de Mèxic.
FC Barcelona
AS Mònaco
Atlas de Guadalajara
