La temporada de 1999 del Campionat del món de motociclisme fou la 51a edició d'aquest campionat, organitzat per la FIM. Aquell any hi hagué el major èxit esportiu per al motociclisme català, amb la victòria d'Àlex Crivillé en 500cc complementada amb la d'Emili Alzamora en 125cc. Aquesta fita fou facilitada per la lesió de Mick Doohan al Gran Premi d'Espanya que finalment va provocar la seva retirada aquella temporada. Fou un campionat relativament fàcil per al campió i només Tadayuki Okada va donar certa emoció a la temporada, tot i que finalment la segona plaça fou per a Kenny Roberts, Jr., que va guanyar diverses curses amb la Suzuki, fins i tot davant el mateix Michael Doohan.
En 250cc la victòria fou per a Valentino Rossi, en la seva última temporada abans de passar a la categoria reina. En 125cc, Emili Alzamora es proclamà campió tot i no guanyar cap cursa, amb un últim Gran Premi de l'Argentina amb una aferrissada lluita amb Marco Melandri.